在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
同时拥有显赫出身和悲痛过去的卡路尔·阿巴斯（花江夏树 配音），以庶民的身份和无血缘的妹妹艾丽尔（竹达彩奈 配音）登上伊斯拉，前往凯格斯高中飞行科学习。伊斯拉是一座漂浮在半空中的陆地，由巴雷特洛斯共和国
汐月国的公主爱麦拉（明月），怀抱着守护两国和平的心愿远嫁长安，与皇帝的第九子——李谦成亲。适应长安生活，攻略高冷王爷都没想象中那么简单！在经历了重重困难，明月终于收获了爱情，然而真正的危机才刚刚开始！
当高科技超出普通人认知的时候，就会当作一种神奇的魔法。而埃尔学校，就是这么一所充满了欢乐和智慧、神奇又瑰丽的魔法学校。这里传授知识、鼓励探索、激发创造，是全世界孩子们都向往的地...
