本季讲述了赛尔号在得到无尽能源后，踏上回地球的归途完成使命；不料却因为遇到三巨头的阻碍，失控的赛尔号意外误入了传说中恐怖的巴斯星。在危机四伏的巴斯星上，挥之不去的阴霾，述说着龙族的往事，精灵帕罗狄亚以
在平行世界的日本，铁道国有化根深蒂固。就读于桐生铁道高中的高山直人（福山润 配音）梦想进入国铁担任火车司机，从此过上安安稳稳的生活。为此他进入学生铁道OJT参加培训，并在此结识了性格过激的暴力女樱井葵
曾经修仙界的绝世天才，因为无字天书而被十大天尊合力陷害，意外穿越时空来到了二十岁之时，一心想着修炼成仙，重回仙界找回心爱之人、报仇雪恨的他，成为了全世界最强的男人。
