接第一季，从第14集继续。因为在风祭流传着未确认生物的情报，以及超自然的现象之类的似真非真的传闻。瑚太朗向超自然研究会的部长，千里朱音的求助，于是展开了涉及到瑚太朗认识的学生们的调查。对于瑚太朗来说，
在这个地球上，有很多外星来客已悄悄潜伏在人类的身边，他们或善良或邪恶，只是地球人从未察觉而已。在地处偏远的山形，擅长棒球的筒井雪隆（细谷佳正 配音）进入当地如月高中求学。当他打开公寓门的一刹那，却见到
白小纯合并下游四宗成立逆河宗后，成功挑战中游三宗立稳脚跟，被上游星空道极宗天人指名做质子，开启第三季质子篇。
