《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
从学校毕业之后，凉风青叶（高田忧希 配音）成为了充满希冀和干劲的职场新鲜人，尚在学生时代，青叶就十分憧憬一间名为“飞鹰跃动”的游戏公司，如今，青叶终于凭借着努力和实力，成为了公司中的一员，迈出了实现梦
水神共工为了争夺人间的主导权，与水神祝融发动了一场大战。共工撞倒了托举苍天的不周山，导致天河倾泻，洪水泛滥。共工企图用洪水控制人类。
